Die Serie handelt von sechs Gummibären, die in einer mittelalterlich anmutenden Märchenwelt leben. Sie werden als Nachfahren der Großen Gummibären beschrieben und leben in der unterirdischen Geheimsiedlung Gummi Glen im Wald des fiktiven Königreichs Dunwyn. Vor langer Zeit besaßen die Gummibären eine mächtige und weit entwickelte Zivilisation, wurden jedoch von den Armeen der Menschen verfolgt, da diese an das Wissen der ehemaligen Hochkultur der Großen Gummibären herankommen wollten und letztlich fast alle Gummibären nach Norden vertrieben. Die meisten der Gummibären siedelten sich daraufhin auf einem den Menschen unbekannten Kontinent an und wurden im Laufe der Zeit vergessen. Sie werden von den Menschen inzwischen allgemein als Legende betrachtet, nur wenige wissen, dass sie noch immer existieren. Während der Abenteuer der Gummibären aus Gummi Glen werden immer wieder alte Ruinen und intakte Bauwerke mit teils hochtechnologischen Apparaten aufgefunden. Der größte Wunsch der Gummibären aus Gummi Glen ist es, endlich die Großen Gummibären kennenzulernen.
Trotz ihrer Bemühungen, weiterhin frei von menschlichen Einflüssen und sicher vor Bedrohungen zu leben, begegnen den Bären von Gummi Glen nach und nach mehrere Menschen. Entgegen aller Befürchtungen und Vorurteile laufen die Begegnungen nicht immer auf Konfrontation und Kampf aus: Während die meisten Menschen jede Begegnung als Einbildung abtun und gleich wieder vergessen, gibt es Menschen (vor allem Kinder), die versuchen, sich mit den Gummibären anzufreunden. Nur diejenigen, die noch an die Gummibären und deren Zauberei glauben und davon wissen, versuchen, Gummibären einzufangen. Die engsten Freunde der Gummibären unter den Menschen sind Prinzessin Calla, die Tochter von König Gregor und Thronfolgerin von Dunwyn, und Cavin, der Page von Gregors oberstem Ritter, Sir Tuxford.
Ihren Namen verdanken die Gummibären einem Zaubertrank, der sie wie einen Gummiball hüpfen lässt. Dieser Trank wird von Grammi nach einem alten, geheimen Rezept aus den Gummibeeren hergestellt, die im Wald von Dunwyn wachsen. Einem Menschen und auch Ungeheuern verleiht der Gummibeerensaft für kurze Zeit übermenschliche Kräfte, wirkt bei Menschen aber, anders als bei Gummibären, nur einmal am Tag. Der böse und machthungrige Herzog Igzorn versucht ständig mit seinem Diener Toadwart und seiner Privatarmee aus einfältigen Ogern, an die Formel des Trankes und die restlichen Geheimnisse der Gummibären zu gelangen. Er will Dunwyn erobern, den König entthronen und eine Schreckensherrschaft errichten. Oftmals müssen die Gummibären – wenn auch heimlich – eingreifen, um den König, ihre Freunde und ihre Geheimnisse vor den Ränken Igzorns und anderer Feinde zu schützen.
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